吴清平院士针对我国食品行业出现严重的微生物安全风险，从基础研究着手，发明先进的共性监控技术并建立起相关理论体系，研制出重点产业食品安全控制技术和与国际接轨的先进标准，解决了食品安全中的重要科学问题和关键技术难题，显著推动我国食品安全科学理论不断提升和产业健康发展。

主持国家及省部级重大科研项目75项，获得省级鉴定国际领先或国际先进水平成果39项；获授权发明专利授权85件；制定国家及地方标准10项, 其中国标8项；发表论文500多篇，其中SCI收录180多篇；获国家科技进步二等奖2项，省部级一等奖6项、二等奖4项，中国专利优秀奖3项，广东省专利金奖1项，广东省和广州市专利优秀奖各2项；2010年获全国优秀科技工作者，2012年获何梁何利创新奖，2014年获首届广东发明人奖，2017年获首届南粤突出贡献奖和第二届“叶剑英奖”，2019年获得中国食品科学技术学会突出贡献奖。

2015年当选为中国工程院院士。